تستند المهمة الأساسية للمؤسسة الأورو-متوسطية وعملها إلى المعايير والأعراف العالمية لحقوق الإنسان، وتُدار المؤسسة وفقاً لمبادئ إدارة تستند إلى الحوكمة السليمة والاستقلال والشفافية والمساءلة والتعاون والتضامن وعدم التمييز واللاعنف.
وفيما عدا النظم الأساسية ، تشير مختلف وثائق السياسة الداخلية إلى هذه المعايير التي تطبقها المؤسسة ، بما في ذلك ما يلي:
- مدونة الأخلاقيات والسلوك القويم، متاحة على الرابط التالي.
- سياسة الخصوصية ، متاحة على الرابط التالي.
- مدونة قواعد السلوك لمكافحة الفساد ، المتاحة على الرابط التالي.
- سياسة الحماية من التحرش والاستغلال والانتهاك الجنسي ومعالجته ومنعه، المتاحة على الرابط التالي.
كما أنشأت المؤسسة الأورو-متوسطية الآلية الخارجية لتقديم الشكاوى التي تهدف الى إعطاء صوت لضحايا وشهود سوء السلوك من خلال تزويدهم بأداة للإبلاغ عن حالات الإساءة أو الشواغل وبأسلوب آمن. تم إنشاء هذه الآلية لمساعدة المؤسسة الأورو-متوسطية في تعزيز الحوكمة السليمة والمساءلة وإيجاد الثقة وتحديد التحسينات التي يمكن إدخالها على تنفيذ أنشطتها.